分子診斷凍干技術當前面臨的幾個問題：

1. 分子診斷試劑每個反應體系的量比較小，一般大約為20ul。

2.由于成本和運輸?shù)仍颍肿釉\斷試劑一般使用PP等高分子聚合材質，這種材料的比熱率要低很多，很多容器底部不是均勻性很好的材質，在凍干過程中帶來一定的難度。

3.分子診斷試劑中的分子酶又是蛋白里面相對比較敏感的，所以對分子試劑的凍干就更為敏感和復雜，在擴增過程中，對于酶的活性保存尤為重要，在擴增實驗以后，這個活性影響會達到指數(shù)級別的放大。當前來看，分子診斷試劑的凍干是所有凍干工藝里面相對較難的。